209系やE217系に続く標準型車両で、情報技術の大幅な導入により制御システムを一新した車両である。通勤形と近郊形の両方の性能を併せ持ち、仕様を共通化させた車両でもある。
　従来の車両情報制御装置が持っていた各機器からの情報集約・伝送・表示という情報処理機能から飛躍し、機能の統合集約、編成一括管理制御などを実現した列車情報制御装置（Train Information Management System : TIMS）に進化させている。これにより各種の機能向上を図るとともに引き通し線、車両内配線の大幅削減を実現させた。
　量産先行車として209系950番代（現在はE231系900番代）を1999年3月から中央・総武緩行線で使用し、量産車は、通勤形は2000年3月から中央・総武緩行線で、近郊形は2000年6月から宇都宮線で、2階建てグリーン車は2004年7月から使用開始された。
　編成は、通勤形はオールロングシートで、中央・総武緩行線と山手線の一部の車両は6扉車となっている。近郊形は一部はセミクロスシートで、10両の基本編成には2階建てグリーン車を2両連結している。いずれも両先頭車には車椅子スペースがあり、近郊形には車椅子対応トイレが設置されている。
　また、ドアの上部には停車駅案内装置が設けられ一部の車両では運行情報なども表示でき、特に山手線用の車両では液晶ディスプレイにより様々な情報を表示することができる。ドアの開閉時にはチャイムがなるようになっているほか、近郊形の一部の車両は開閉時に点滅するランプも設けている。