JR東日本の次世代を担う通勤形電車として1993年に誕生。試作営業車の901系の開発を経て量産車として投入されたのが209系である。車体・台車・主回路システムなど車両の根本から様々な見直しが行われ、現在のJR東日本の通勤・近郊形電車の礎となった車両である。室内では座席幅の拡大と握り棒を兼ねたポールによる区分化、車いすスペースの設置、ドア上部へのLED式停車駅案内装置、ドアの開閉をチャイムで知らせる装置など、バリアフリー化も配慮した構造とされている。

中央・総武緩行線や京葉線に投入された500番代は、車体幅を拡げたものとなっている。

また、東京メトロ地下鉄千代田線乗り入れ用の1000番代では、前面に非常用扉を設けたり、動力車の比率を高くするなどの違いがある。

また、川越・八高線には、もと東京臨海高速鉄道70-000系から改造した車両もある。