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| 2000年（平成12年） |
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| 4月24日 |
高尾〜大月間でＡＴＳ−Ｐ形保安装置使用開始 |
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| 11月15日 |
「20世紀を駆け抜けた中央線」記念イオカードを発売 |
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| 12月2日 |
ダイヤ改正を実施、特急「スーパーあずさ」号の半室禁煙グリーン車を全面禁煙化
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| 12月12日 |
2000年「12・12・12」ワン・ツー・スリーきっぷを発売 |
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| 12月31日 |
ミレニアムイベントでかいじ119号を「20世紀かいじ119号」など、一部の列車について列車名を変更して運転 |
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| 2001年（平成13年） |
| 5月1日 |
ステーションルネッサンス第1号店として八王子駅に「みどりの窓口」「びゅうプラザ」「べックスコーヒー」「無印良品ｃｏｍＫＩＯＳＫ」を併設した融合店舗がオープン |
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| 6月7日 |
新型特急E257系が中央本線小淵沢〜高尾間を試運転で初入線 |
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| 6月8日 |
新型特急E257系を甲府駅構内電留線で車両公開を開催 |
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| 6月11日 |
新型特急E257系を三鷹電車区構内で車両見学会を実施 |
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| 8月1日 |
高尾〜上野原間が開業100周年を迎え各駅でイベント開催 |
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| 8月21日 |
新型特急Ｅ257系の報道関係者試乗会を実施 |
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| 8月31日 |
「パノラマエクスプレス アルプス」号が引退、甲府駅で出発式を開催 |
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| 10月6日 |
大月〜甲府間でＡＴＳ−Ｐ形保安装置使用開始 |
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| 10月11日 |
新型特急Ｅ257系の試運転列車試乗会を実施 |
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11月10、
11、12日 |
新型特急E257系の試乗会を実施 |
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| 11月18日 |
新しい出改札システム、ICカード「Suica」のサービスを開始、中央線では東京〜大月間の各駅で使用開始。 |
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| 12月1日 |
ダイヤ改正を実施
特急「あずさ」に新型特急Ｅ257系デビュー
全車指定席の「中央ライナー」運転開始
特急「かいじ号」1往復を竜王駅まで延長
中央・総武（緩行）線の車両を新型車両に統一
快速「新幹線リレー号」の列車名を快速「むさしの」号に改称
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| 12月1日 |
西八王子駅ロンロンに保育園「ピノキオ幼児舎西八王子園」が開園 |
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| 2002年（平成14年） |
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| 2月2日 |
懐かしの特急｢あずさ2号｣を新宿〜松本間（辰野回り）で運転 |
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| 3月23日 |
中央線に成田エクスプレスが登場、高尾〜成田空港間で上り1本が運転開始
高尾駅で出発式を開催
特急「かいじ」号５往復に新型特急E257系が登場、新型特急E257系の特急「あずさ」号が３往復から６往復に拡大 |
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| 3月29日 |
吉祥寺駅にびゅうプラザとインターネット機能を備えたカフェの融合店舗「カフェ ドゥ ロンロン ヴォヤージュ」がオープン |
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| 7月1日 |
特急「かいじ」号の全列車を新型特急E257系に統一、新型特急E257系の特急「あずさ」号が６往復から７往復に拡大
「中央ライナー」２往復と「青梅ライナー」に新型特急E257系運転開始
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| 10月6日 |
大月駅、猿橋駅開業100周年イベント開催、立川〜大月間に展望型電車「四季彩」を使用した「快速大月駅開業100周年号」を運転 |
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| 12月1日 |
ダイヤ改正を実施
特急「あずさ」号の全列車をE257系で統一
特急列車の到達時分を短縮
かいじ号を3往復増発、竜王駅発着「かいじ」を1往復増発
「成田エクスプレス」の下り列車を成田空港〜高尾間で運転開始
急行「アルプス」号を廃止
快速「むさしの号」の使用車両を169系から115系に変更 |
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| 12月8日 |
169系電車を使用した「ホリデー快速ピクニック号」の運転終了を記念して、中央線で「さよなら169系ピクニック号」を運転。 |
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| 2003年（平成15年） |
| 2月1日 |
笹子駅・甲斐大和駅（旧初鹿野駅）が開業100周年 |
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| 6月2日 |
中央線201系車両で初めて車体広告電車が登場 |
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6月7・8・
14・15日 |
塩山・山梨市・石和温泉・甲府駅で開業100周年イベント開催、きらきら山梨号など記念列車も運転 |
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| 6月28・29日 |
165系電車を使用した「なつかしの急行アルプス」号を新宿〜松本間（辰野回り）で運転
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| 7月12・13日 |
165系電車を使用した「なつかしの急行かいじ」号を新宿〜甲府間で運転・「なつかしの急行かわぐち」号を新宿〜河口湖間で運転 |
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| 8月3日 |
地下鉄東西線直通電車301系が引退、三鷹〜高尾間でさよなら運転、高尾駅では車両展示会を開催 |
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| 9月27・28日 |
中央線高架化事業、三鷹〜国分寺間（東区間）で仮上り線への線路切換工事実施 |
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| 10月10日 |
韮崎駅にエレベーター、多機能トイレ完成 |
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| 10月12日 |
韮崎駅で開業100周年記念イベント開催、旧型客車を使った記念列車を塩山〜韮崎間で運転 |
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| 10月26日 |
竜王駅で開業100周年記念イベント開催、旧型客車を使った記念列車を新宿〜竜王間で運転 |
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| 12月31日 |
特急「カウントダウンあずさ94号」を松本〜新木場（りんかい線）間で運転 |
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| 2004年（平成16年） |
| 3月13日 |
ダイヤ改正を実施
特急「スーパーあずさ」号を１往復増発、朝の「青梅ライナー」を東京まで延長
特急「スーパーあずさ」号・「あずさ」号・「かいじ」号の禁煙車両を拡大
朝の特急「かいじ」号を東京まで延長
特急「スーパーあずさ」号の東京乗り入れ廃止
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| 3月22日 |
立川駅上りホームにJR東日本初の「ジューサーバー」がオープン |
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| 5月22日 |
日野駅に、たい焼き屋「鎌倉山あずき茶屋 日野店」がオープン |
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| 7月18・19日 |
中央線高架化事業、武蔵小金井駅付近の仮下り線への線路切換工事実施 |
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| 7月24日 |
小淵沢駅に「デュオレール小淵沢」がオープン |
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| 8月1日 |
「日野春駅・小淵沢駅・富士見駅」開業100周年記念入場券発売 |
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| 10月16日 |
初狩〜韮崎間でSuica利用開始、中央線の全ての特急列車の自由席で定期券利用が可能となる |
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| 10月17日 |
日野春駅で開業100周年記念イベント開催、記念列車を新宿〜小淵沢間で運転
富士見駅開業100周年記念式典開催 |
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| 10月23日 |
小淵沢駅で開業100周年記念イベント開催、旧型客車を使った記念列車を甲府〜小淵沢間で運転 |
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| 11月7日 |
中央線高架化事業、三鷹〜国分寺間（武蔵小金井付近を除く）で仮下り線への線路切換工事実施 |
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| 2005年（平成17年） |
6月18・25・
26日 |
三鷹駅・三鷹電車区開業75周年イベント開催 |
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| 9月5日 |
中央線201系車両に「女性専用車」を導入 |
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| 9月24・25日 |
中央線高架化事業、国分寺〜立川間（西区間）で仮上り線への線路切換工事実施 |
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| 12月1日 |
八王子駅構内の全店舗でSuicaが使用開始 |
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| 12月10日 |
ダイヤ改正を実施
特急「かいじ」号の１本を新宿始発から東京始発に変更
特急「あずさ」号が全列車立川駅に停車
甲府発高尾行の終電時刻繰り下げ |
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| 12月24、25、30日 |
特急「東京ミレナリオ」号を甲府〜東京間で運転 |
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| 12月25日 |
八王子駅の発車メロディーを「夕焼け小焼け」に変更 |
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