| 1990年（平成2年） |
| 3月10日 |
中央線201系電車が富士急行線河口湖まで直通運転開始 |
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| 1991年（平成3年） |
| 3月16日 |
「おはようライナー高尾･青梅」「ホームライナー高尾･青梅」各1本を新設 |
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| 1992年（平成4年） |
| 3月14日 |
特急「かいじ」号の編成を一部6両から9両に増強 |
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| 1993年（平成5年） |
| 4月1日 |
4駅の駅名を改称
初鹿野→甲斐大和、勝沼→勝沼ぶどう郷、別田→春日居町、石和→石和温泉 |
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| 12月1日 |
新型特急電車E351系電車を年末年始輸送から速達「あずさ」に投入 |
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| 1994年（平成6年） |
| 12月3日 |
新型特急電車E351系電車が「スーパーあずさ」として使用開始
4往復中2往復は、最高速度130km/hに向上し、新宿・松本間の最速列車の到達時分が2時間30分に短縮
Ｅ電各線で土曜日を休日ダイヤで運転開始 |
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| 1995年（平成7年） |
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| 1996年（平成8年） |
| 3月16日 |
「スーパーあずさ」を4往復から8往復に増発
「おはようライナー高尾」「ホームライナー高尾」を9両から10両に増強 |
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| 12月14日 |
ＡＴＯＳ（東京圏輸送管理システム）を中央線で試験使用開始 |
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| 1997年（平成9年） |
| 3月21日 |
ＡＴＯＳ（東京圏輸送管理システム）を中央線で全面使用開始 |
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| 3月22日 |
快速「こまちリレー号」を高尾〜大宮間で運転開始 |
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| 10月1日 |
上り急行「アルプス」を長野始発に
快速「こまちリレー号」の列車名を快速「新幹線リレー号」に改称 |
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| 1998年（平成10年） |
2月6日
〜22日 |
長野オリンピック開催に合わせ特急「あずさ」号を増発 |
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| 4月4日 |
八王子駅で「フラワービーチさざなみ」号出発セレモニー開催 |
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| 5月4日 |
八王子支社設立を記念してクモハ40形を八王子〜青梅間で運転 |
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6月10日〜
7月8日 |
在来線試験電車「TRY-Z」走行試験を四方津〜竜王間で実施 |
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| 8月30日 |
国分寺駅折り返し設備新設に伴う線路切換工事を実施 |
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| 10月23日 |
新型通勤電車209系950番台の報道公開と試乗会を実施 |
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| 12月8日 |
ダイヤ改正で中央快速線の列車本数を増発 |
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| 1999年（平成11年） |
| 3月〜8月 |
201系電車に「中央線開業110周年八王子〜新宿間」ヘッドシール掲出 |
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| 4月1日 |
快速「新幹線リレー」号を、165・169系リニューアル車両で運行開始 |
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| 4月10日 |
中央線開業110周年記念イオカード・オレンジカードを発売 |
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| 4月11日 |
武蔵境、国分寺、立川駅が開業110周年を迎え各駅で記念パネル展などを開催 |
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| 5月2日 |
特急「はまかいじ2号、3号」の運転開始を記念して甲府駅で出発式 |
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| 8月1日 |
八王子駅開業110周年を記念してパネル展開催 |
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| 10月10日 |
吉祥寺駅開業100周年記念イベント開催 |
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| 11月20日 |
八王子駅で線路切換工事を実施、翌21日から終日上下線分離運転 |
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| 12月4日 |
ダイヤ改正でスーパーあずさ、あずさ、かいじ、アルプス号の禁煙車両の拡大を実施 |
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